Dopo la laurea, nel 1587, Marlowe si trasferì a Londra, dove iniziò la sua attività per il teatro e si presume che continuò a lavorare per i servizi segreti. Sempre in questo periodo ebbe inizio la sua convivenza con Thomas Kyd, anch’egli drammaturgo, fatto che forse si sarebbe rivelato una delle cause della rovina dell’autore.

Frequentemente coinvolto in risse di ogni tipo, Marlowe trovò la morte proprio in una di esse, le cause della quale però sono tuttora avvolte nel mistero.

Agli inizi del maggio 1593 vennero diffusi per Londra degli scritti contenenti minacce nei confronti dei protestanti provenienti dalla Francia e dai Paesi Bassi che si erano rifugiati in Inghilterra. Uno di questi scritti era stato redatto in blank verse, conteneva diversi riferimenti alle tragedie di Marlowe ed era addirittura firmato con il nome del più grande dei suoi personaggi, Tamburlaine.

Thomas Kyd fu arrestato con l’accusa di aver preso parte alla creazione di questi scritti e le sue stanze vennero perciò perquisite. Durante la perquisizione, venne ritrovato il frammento di un testo il cui contenuto venne riconosciuto come eretico e che, secondo le affermazioni di Kyd, sarebbe appartenuto a Marlowe.

Questi il 20 maggio fu costretto a recarsi alla presenza del Privy Council per essere interrogato. Tuttavia non ci fu alcun incontro quel giorno e Marlowe fu rilasciato.

Dieci giorni dopo, il 30 maggio, l’autore si trovava insieme ad altri tre uomini in un’abitazione a Deptford, ospite della vedova Eleanor Bull.

Per molto tempo si è creduto che Marlowe fosse stato assassinato in una locanda, ma questa teoria venne riconosciuta falsa grazie al ritrovamento, nel 1925, del rapporto del coroner che si occupò del cadavere dell’autore.

Oggi siamo sicuri che Marlowe morì in quella casa di Deptford, dove egli si era intrattenuto con Ingram Frizer, Robert Poley e Nicholas Skeres. Tutti e quattro avevano lavorato come agenti segreti per conto di Walsingham e questo ha portato molti a sospettare che la morte di Marlowe fosse stata in verità organizzata dagli stessi servizi segreti per i quali l’autore aveva lavorato.

Secondo la versione ufficiale, quella avvalorata dal coroner, in seguito a un alterco a causa di soldi, Marlowe e Frizer si sarebbero pugnalati a vicenda, ma il secondo sarebbe riuscito a procurare al primo una ferita mortale, colpendolo all’occhio destro.

Frizer venne in seguito riconosciuto innocente, in quanto la sua era stata autodifesa. Marlowe invece venne sepolto in una tomba senza nome nel cimitero di St. Nicholas di Deptford subito dopo la chiusura dell’inchiesta avviata in seguito al suo omicidio, il primo giugno del 1593.